Bakan yardımcısı siyasi bir görevlidir ve bakanın politikalarını desteklemek, temsil etmek üzere atanır. Müsteşar ise bakanlığın en üst bürokratıdır ve idari işleri yürütür. Müsteşar genellikle kariyer bürokratlarından oluşur ve görev süresi daha uzundur. Bakan yardımcısı ise bakan değiştiğinde değişebilir. Kısacası bakan yardımcısı siyasi, müsteşar ise profesyonel idari yöneticidir.