Müsteşar, bakanlığın en üst düzey bürokratıdır ve bakanlığın tüm idari işlerinden sorumludur. Bakan ile koordineli çalışır ve kamu politikalarının uygulanmasını sağlar. Genel müdür ise bakanlığa bağlı bir birimin başında bulunur ve o birimin işlerini yönetir. Örneğin sağlık müdürlüğü genel müdürü sadece sağlık hizmetlerinin organizasyonuyla ilgilenirken, müsteşar tüm bakanlığın koordinasyonunu sağlar. Müsteşar daha stratejik, genel müdür ise daha operasyonel görevlerde bulunur. İkisi arasında hiyerarşik bir ilişki vardır.